В геноме современного человека нашли следы двух неизвестных древних линий людей

Учёные обнаружили в геномах современных людей наследие двух ранее не охарактеризованных древних линий гоминин. Одна оставила около 0,5–1% ДНК каждому живущему человеку, а другая передала людям Океании крошечные фрагменты через денисовцев.

Исследователи Калифорнийского университета в Беркли разработали вычислительный метод TRACE — TRacking Archaic Contributions via ARG Estimation. Он позволяет находить в ДНК ныне живущих людей участки, унаследованные от давно исчезнувших популяций, даже если пригодная для секвенирования ДНК из их останков не сохранилась.

Команда проанализировала более 500 полных геномов современных людей из разных регионов мира. Для каждого участка генома учёные восстановили генеалогические связи — так называемые графы предковой рекомбинации. Необычно древние ветви показывают фрагменты, происходящие от линий, которые очень давно отделились от предков Homo sapiens.

Сначала исследователи проверили TRACE на известных примерах. Метод правильно обнаружил участки неандертальского и денисовского происхождения, после чего выявил генетическое наследие ещё двух ранее не охарактеризованных линий. Это не означает, что наука уже открыла и описала два новых биологических вида: пока речь идёт о генетически различимых популяциях, которым нельзя уверенно присвоить видовые названия.

Первая «призрачная» линия отделилась от предков современного человека приблизительно 800 тысяч лет назад — примерно в эпоху разделения линий Homo sapiens, неандертальцев и денисовцев. Она смешалась с предками современных людей в Африке более 50 тысяч лет назад, до последнего крупного расселения Homo sapiens из Африки в Европу и Азию.

Её наследие обнаружено как у африканских, так и у неафриканских популяций. Каждый современный человек несёт примерно 0,5–1% ДНК этой линии — величину, сопоставимую с долей неандертальского наследия у многих людей. Возможным кандидатом исследователи называют Homo heidelbergensis, жившего в Африке и Европе примерно 700–200 тысяч лет назад, однако это пока только гипотеза.

Вторая линия оказалась значительно древнее. Этот «сверхдревний» предок происходил от ветви, отделившейся около 1,8 млн лет назад. Представители этой линии скрещивались с денисовцами в Евразии, вероятно более 200 тысяч лет назад. Позднее денисовцы смешались с Homo sapiens и передали им часть сверхдревней ДНК.

Следы второй линии обнаруживаются преимущественно в геномах жителей Океании, где особенно велика доля денисовского наследия. В среднем сверхдревние фрагменты составляют около 0,002% исследованных океанийских геномов. Возможным источником называют Homo erectus, но прямых генетических доказательств пока недостаточно: древняя ДНК этого вида практически не сохранилась.

По оценке исследователей, сами денисовцы могли иметь от 3% до 5% наследия сверхдревней линии. Современным людям досталась лишь небольшая часть этих фрагментов — своеобразное двойное наследование через денисовцев.

Участки ДНК неизвестных предков распределены по всему человеческому геному, но особенно часто встречаются в областях, связанных с иммунной системой и обменом веществ. Вероятно, некоторые варианты помогали древним людям приспосабливаться к новым инфекциям и источникам пищи, поэтому естественный отбор сохранил их на протяжении многих поколений.

Авторы подчёркивают, что эволюцию человека правильнее представлять не как дерево с раз и навсегда разделившимися ветвями, а как сложную сеть популяций, которые неоднократно расходились, мигрировали и снова смешивались. TRACE может помочь обнаружить и другие «призрачные» линии, особенно в Африке и Южной Азии, где древняя ДНК сохраняется плохо, а современные геномные базы пока недостаточно представительны.

Исследование опубликовано 30 июля 2026 года в журнале Science.

Научная статья: Recovering signatures of archaic hominin introgression using ancestral recombination graphs