Исследователи создали систему ContactSeek, которая использует прогнозы AlphaFold3 для уменьшения нежелательных изменений ДНК при редактировании отдельных оснований.
Одна из главных проблем геномного редактирования — побочные изменения в участках ДНК, похожих на нужную мишень. Простого предсказания общей трёхмерной формы белкового комплекса оказалось недостаточно, поэтому авторы сосредоточились на вероятности контакта отдельных аминокислот с ДНК и направляющей РНК.
ContactSeek сопоставляет прогнозы AlphaFold3 для правильных и ошибочных мишеней, после чего находит участки белка, влияющие на точность распознавания. На основе этих данных исследователи изменили редакторы аденина Cas9–TadA и получили варианты с более высокой специфичностью. Подход также проверили на редакторах цитозина на основе Cas12a.
Результаты подтвердили несколькими методами секвенирования и общегеномного анализа. Однако работа пока посвящена совершенствованию исследовательских инструментов. Прежде чем применять такие редакторы для лечения людей, потребуется отдельная проверка безопасности и эффективности.
Исследование в Nature
Исходный код ContactSeek
AlphaFold3 помог сделать инструменты редактирования ДНК точнее
Источник: Nature